Im Jahr 1793 wurde der Uhrmacher Jean-Francois Bautte (1772-1837) Teilhaber bei seinem Lehrmeister Jaques Moulinier. Dieser Zusammenschluß war die Grundlage für die Fa. Bautte & Moulinier in Genf.

Die Firma spezialisierte sich auf besonders flache Taschenuhren. Zur Kundschaft gehörten zahlreiche Königshäuser, aber auch der Geld- und Standesadel. Nach seinem Tod führten sein Sohn Jaques Bautte und sein Schwiegersohn Jean-Samuel Rossel das Geschäft weiter. Anschließend ging die Firma an Jaques Rossel, dem Sohn von Jean-Samuel Rossel, über. Dieser förderte die Entwicklung besonders genauer Uhren. Dafür wurde er auf der Pariser Weltausstellung 1855 mit der Goldmedaille ausgezeichnet. Es folgten nicht bekannte Besitzerwechsel. Zum Schluß gehörte die Firma Juan Hecht, der sie 1906 an Girard Perregaux verkaufte.

Im Jahr 1852 machten sich die Brüder Constantin Othenin Girard (1825-1903) und Numa Girard in La Chaux-de-Fonds selbstständig. Die Manufaktur firmierte unter dem Namen ´Girard & Cie´.

Beide waren gelernte Uhrmacher. Constantin Othenin Girard heiratete 1854 Marie Perregaux, die aus einer Uhrmacherfamilie stammte (Ihr Bruder war der Chronometermacher Henri Perregaux). Die Firma wurde daraufhin 1856 unbenannt in ´Girard Perregaux´.

Die Profession der Firma bestand in der Uhrentechnik. Erkennbar war dies an besonders schmalen parallelen Brücken. Schön ist dieses Merkmal an dem ´Tourbillon sous trois ponds d´or´ zu sehen, für welche Girard-Perregaux 1867 und 1889 auf der Weltausstellung in Paris die Goldmedaille für besondere Leistungen auf dem Gebiet der Präzision erhielt.

Aber bereits 1866 und 1876 gewann die Manufaktur mehrere Preise bei den vom Observatorium in Neuchâtel eingerichteten Chronometer-Wettbewerben.
1906 erwarb die Manufaktur unter der Führung von Louis-Constant Girard-Gallet, Sohn von Constantin Othenin Girard, die Fa. Bautte & Moulinier von Juan Hecht. Fortan wird das Jahr 1791 als Gründungsjahr geführt (1791 deshalb, weil die erste Taschenuhr mit der Signatur von Jean-Francois Bauutte aus diesem Jahr stammte). 1928 war die Firma insolvent und wurde von Otto Graef (1862 - 1948), dem Eigentümer der Manufacture Internationale de Montres d'Or (kurz MIMO), im Jahr 1929 aufgekauft.

1957 stellte die Manufaktur das Automatikkaliber ´Gyromatic´ vor. 1967 baute sie das Chronometer HF. Dieses Werk gewann den Jahrhundertpreis für Chronometrie des Observatoriums in Neuchâtel. Es zeichnete sich durch 36000 A/h aus.

1970 begann die industrielle Produktion von Quartzuhren. Girard-Perregaux setzte damals den noch heute gültigen Standard von 32,768 Hz für Quarzwerke in der gesamten Uhrenindustrie fest.
Da die Erben Otto Graefs keine Nachkommen hatten, folgten anschließend einige Besitzerwechsel. Am 4. Juli 2011 wurde die Übernahme eines Mehrheitsanteils von 50,1 % an der Sowind Group durch PPR bekannt gegeben.
Ab 1989 begann die Herstellung von mechanischen Uhren, zuvor hatte die Firma nur Quartzuhren hergestellt. Heute beliefert sie mehrere Luxusfirmen und die eigene Tochterfrirma ´Daniel JeanRichard´ mit Uhrwerken.